!------------------------------------------------------------------------------- ! fabm_nml !------------------------------------------------------------------------------- ! ! Hacer una lista de los modulos FABM que seran incluidos en la simulacion ! Es importante que se listen en el orden correcto asi las dependencias pueden ! ser establecidas durante la fase de configuracion de del modelo ! ! Para mayores detalles sobre los modulos de FABM visitar : ! fabm.sourceforge.net ! ! ! aed.see.uwa.edu.au/research/models/AED ! &fabm_nml models = 'gotm_npzd', 'aed_oxygen', 'aed_carbon', 'aed_nitrogen', 'aed_phosphorus', 'aed_organic_matter', 'aed_phytoplankton', !'aed_zooplankton' / !------------------------------------------------------------------------------- ! gotm_npzd - GOTM model nutrientes-fitoplancton-zooplancton-detritus !------------------------------------------------------------------------------- ! n_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de nutrientes ! p_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de fitoplancton ! z_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de zooplancton ! d_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de detritus ! p0 [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion minima de fitoplancton ! z0 [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion minima de zooplancton ! w_p [float, unit = m/d] ! velocidad de sedimentacion de fitoplancton ! w_d [float, unit = m/d] ! velocidad de sedimentacion del detritus ! kc [float, unit = m^2/mmol N] ! constante de atenuacion por el efecto de outosombra ! I_min [float, unit = W/m^2] ! radiacion fotosintetica activa minima (PAR) ! rmax [float, unit = 1/d] ! maxima tasa de consumo de nutrientes ! gmax [float, unit = 1/d] ! tasa maxima de pastoreo ! Iv [float] ! Ivlev constant ! alpha [float, unit = mmol N/m^3] ! punto medio de saturacion ! rpn [float, unit = 1/d] ! p --> n rate (p metabolism) ! rzn [float, unit = 1/d] ! z --> n rate (z metabolism) ! rdn [float, unit = 1/d] ! d --> n rate (remineralisation) ! rpdu [float, unit = 1/d] ! p --> d rate (p mortality), en la zona eufotica ! rpdl [float, unit = 1/d] ! p --> d rate (p mortality), debajo de la zona eufotica ! rzd [float, unit = 1/d] ! z --> d rate (z mortality) !------------------------------------------------------------------------------- &gotm_npzd n_initial = 4.0, p_initial = 1e-15, z_initial = 1e-15, d_initial = 1.5, p0 = 0.0225, z0 = 0.0225, w_p = -0.05, w_d = -0.05, kc = 0.01, I_min = 2.0, rmax = 2.0, gmax = 0.50, Iv = 1.1, alpha = 1.25, rpn = 0.04, rzn = 0.03, rdn = 0.01, rpdu = 0.01, rpdl = 0.1, rzd = 0.02, dic_variable='aed_carbon_dic' / !------------------------------------------------------------------------------- !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_oxygen - modelo AED de oxigeno !------------------------------------------------------------------------------- ! oxy_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de O2 (puede ser sobreescrito por GLM o TFV IC) ! Fsed_oxy [float, unit = mmol/m^2/day] ! demanda de oxigeno del sedimento ! Ksed_oxy [float, unit = mmol/m^3] ! punto medio de saturacion de la concentracion del flujo de oxigeno del sedimento ! theta_sed_oxy [float, unit = - ] ! factor multiplicador de la termperatura Arrhenius para el flujo de oxigeno del sedimento ! ! NOTE: lOS procesos tales como fotosintesis y respiracion bacteriana de otros ! modulos AED deben ser configurado para usar los siguientes nombres: ! ! aed_oxygen_oxy ! ! DIAGNOSTICS: ! - !------------------------------------------------------------------------------- &aed_oxygen oxy_initial = 225.0 Fsed_oxy = -50.0 Ksed_oxy = 50.0 theta_sed_oxy = 1.08 / !------------------------------------------------------------------------------- !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_carbon - modelo AED de carbono !------------------------------------------------------------------------------- ! dic_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de DIC (puede ser sobreescrita por GLM or TFV IC) ! Fsed_dic [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de CO2 del sedimento ! Ksed_dic [float, unit = mmol/m^3] ! punto de saturacion medio de la concentracion de oxigeno que controloa el flujo de CO2 ! theta_sed_dic [float, unit = - ] ! factor de multiplicador de la temperatura Arrhenius para el flujo de sedimento de CO2 ! pH_initial [float, unit = - ] ! valor inicial del pH de la columna de agua ! atmco2 [float, unit = ppm] ! concentracion atmosferica de CO2 ! ionic [float, unit = meq] ! fuerza ionica promedio de la columna de agua ! ! ch4_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de CH4 (puede ser sobreescrita por GLM or TFV IC) ! Rch4ox [float, unit = - ] ! tasa maxima de reaccion de oxidacion de CH4 a 20C ! Kch4ox [float, unit = ppm] ! punto medio de saturacion de la concentracion de oxigeno para la oxidacion de CH4 ! vTch4ox [float, unit = meq] ! factor multiplicador de la temperatura Arrhenius para oxidacion de CH4 ! Fsed_ch4 [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de sedimento de metano ! Ksed_ch4 [float, unit = mmol/m^3] ! punto de saturacion de la concentracion de oxigeno que controla el flujo de CH4 ! theta_sed_ch4 [float, unit = - ] ! factor multiplicador de temperatura Arrhenius para el flujo de sedimento de CH4 ! methane_reactant_variable ! variable de estado a ser conumida durante la oxidacion de CH4 ! ! NOTE: Los procesos tales como fotosintesis y respiracion bacteriana de otros modulos AED ! deben ser configurados para usar los siguientes nombres: ! aed_carbon_dic ! aed_carbon_ch4 ! aed_carbon_pH ! ! DIAGNOSTICS: ! - !------------------------------------------------------------------------------- &aed_carbon !-- DIC and pH -- dic_initial = 1600.5 Fsed_dic = 3.0 Ksed_dic = 20.0 theta_sed_dic = 1.08 pH_initial = 7.5 atmco2 = 370e-6 ionic = 0.1 !-- CH4 -- ch4_initial = 27.6 Rch4ox = 0.01 Kch4ox = 0.5 vTch4ox = 1.08 Fsed_ch4 = 0.5 Ksed_ch4 = 100.0 theta_sed_ch4 = 1.08 methane_reactant_variable='aed_oxygen_oxy' / !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_nitrogen - modelo AED de nitrogeno !------------------------------------------------------------------------------- ! amm_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de NH4 (puede ser sobreescrita por GLM or TFV IC) ! nit_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de NO3 (puede ser sobreescrita por by GLM or TFV IC) ! Rnitrif [float, unit = /day ] ! tasa maxima de reaccion de nitrificacion @ 20C ! Rdenit [float, unit = /day ] ! tasa maxima de reaccion de desnitrificacion @ 20C ! Fsed_amm [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de NH4 del sedimento ! Fsed_nit [float, unit = mmol/m^2/day] ! sediment NH4 flux ############# ! Knitrif [float, unit = mmol/m^3 ] ! punto de saturacion media de oxigeno para la oxidacion de CH4##### ! Kdenit [float, unit = mmol/m^3 ] ! punto medio de saturacion de oxigeno para la oxidacion de CH4###### ! Ksed_amm [float, unit = mmol/m^3] ! punto medio de saturacion de la concentracion de oxigeno que controla el flujo de NH4 ! Ksed_nit [float, unit = mmol/m^3] ! punto medio de la saturacion de oxigeno que controla la concentracion del flujo de NO3 ! theta_nitrif [float, unit = - ] ! multiplicador de temperatura Arrhenius para nitrificacion ! theta_denit [float, unit = - ] ! multiplicador de la temperatura de Arrhenius para desnitrificaion ! theta_sed_amm [float, unit = - ] ! multiplicador de temperatura de Arrhenius para el flujo de NH4 del sedimento ! theta_sed_nit [float, unit = - ] ! multiplicador de temperatura Arrhenius para el flujo de NO3 del sediemnto ! nitrif_reactant_variable ! variable de estado a ser consumida durante la nitrificacion ! denit_product_variable ! variable de estado a ser incrementada por la desnitrificaion ! ! NOTE: Los procesos tales como consumo de fitoplancton y excresion de fitoplancton de otros ! modulos AED modules debe ser configurado con los siguientes nombre: ! aed_nitrogen_nit ! aed_nitrogen_amm ! ! DIAGNOSTICS: ! aed_nitrogen_denit ! !------------------------------------------------------------------------------- &aed_nitrogen amm_initial = 12.5 nit_initial = 27.6 Rnitrif = 0.1 Rdenit = 0.5 Fsed_amm = 10.0 Fsed_nit = -0.5 Knitrif = 78.1 Kdenit = 2.0 Ksed_amm = 20.0 Ksed_nit = 100.0 theta_nitrif = 1.08 theta_denit = 1.08 theta_sed_amm = 1.08 theta_sed_nit = 1.08 nitrif_reactant_variable = 'aed_oxygen_oxy' denit_product_variable = '' !#'aed_nitrogen_N20' / !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_phosphorus - modelo AED de fosforo !------------------------------------------------------------------------------- ! frp_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de PO4 (puede ser sobreescrita por GLM or TFV IC) ! Fsed_frp [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de PO4 del sedimento ! Ksed_frp [float, unit = mmol/m^3] ! punto de saturacion medio de la concentracion de oxigeno que controla el flujo de PO4 ! theta_sed_frp [float, unit = - ] ! factor multiplicador de temperatura Arrhenius por el flujo de PO4 ! phosphorus_reactant_variable [string] ! variable de estado ligada a la liberacion desde el sedimento ! simPO4Adsorption [bool] ! cambiar para permitir el modelo de absorcion/liberacion de PO4 ! ads_use_external_tss [bool] ! cambiar para establecer variable externa ambiental como sustrato ! po4sorption_target_variable [string] ! variable de PO4 sobre la que sera adsorbida (if not ads_use_external_tss) ! PO4AdsorptionModel [integer] ! algoritmo de adsorcion para usar##### ! Kpo4p [float, unit = ] ! constante de adsorcion ############ ! ads_use_pH [bool] ! switch to enagge pH dependency in sorption algorithm########## ! Kadsratio [float, unit = ] ! sorption constant########## ! Qmax [float, unit = ] ! sorption constant ########### ! w_po4ads [float, unit = m/d] ! tasa de sedimentacion de PO4 adsorbido ! ! NOTE: Los procesos tales como consumo de PO4 y mineralizacion bacteriana de otros ! modulos AED debe ser configurada par usar los siguientes nombres: ! aed_phosphorus_frp ! aed_phosphorus_frp_ads ! ! DIAGNOSTICS: ! - ! !------------------------------------------------------------------------------- &aed_phosphorus frp_initial = 0.29 Fsed_frp = 0.010 Ksed_frp = 50.0 theta_sed_frp = 1.08 phosphorus_reactant_variable = '' !#'aed_oxygen_oxy' simPO4Adsorption = .false. ads_use_external_tss = .false. po4sorption_target_variable ='' PO4AdsorptionModel = 1 Kpo4p = 0.1 ads_use_pH = .false. Kadsratio= 1.0 Qmax = 1.0 w_po4ads = -0.2 / !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_organic_matter - modelo AED materia organica !------------------------------------------------------------------------------- ! pom_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial de PON (puede ser sobreescrita por by GLM or TFV IC) ! dom_initial [float, unit = mmol/m^3] ! concentracion inicial DOM (puede ser sobre escrita por GLM or TFV IC) ! w_pom [float, unit = m/day] ! tasa de sedimentacion de pool de N del detritus ! Rpom_miner [float, unit = /day ] ! tasa de hidrolisis/desocmposicion de N de detriturs @ 20C ! Rdom_miner [float, unit = /day ] ! tasa de mineralizacion del pool de @ 20C ! Fsed_pom [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de PON del sedimento (note que esto es extra a la sedimentacion) ! Fsed_dom [float, unit = mmol/m^2/day] ! flujo de DON del sedimento ! Kpom_miner [float, unit = mmol/m^3 ] ! punto de saturacion medio de la concentracion de oxigeno para la descomposicion de PON ! Kdom_miner [float, unit = mmol/m^3 ] ! punto de saturacion medio de la concentracion de oxigeno para la mineralizacion de DON ! Ksed_dom [float, unit = mmol/m^3] ! punto de saturacion medio de la concentracion de oxigeno que controla el flujo de DON ! theta_pom_miner [float, unit = - ] ! factor multiplicador de temperatura Arrhenius para la descomposicio de PON ! theta_dom_miner [float, unit = - ] ! factor multiplicador de temperatura Arrhenius para la mineralizacion de DON ! theta_sed_dom [float, unit = - ] ! factor multiplicador de temperatura Arrhenius para el flujo de DON de sedimento ! dom_miner_product_variable [string] ! variable de estado a ser producto de la mineralizacion de DON ! KeDOM [float, unit = /m /(mmol C/m^3)] ! coeficiente especifico de atenuacion luminica por DOM ! KePOM [float, unit = /m /(mmol C/m^3)] ! coeficiente especifico de atenuacion luminica para POM ! doc_miner_reactant_variable [string] ! variable de estado a ser ligada a la tasa de mineralizacion de DOC ! ! NOTE: Uso generico de POM/DOM en las descripciones de arriba, use C/N/P abajo ! ! NOTE: Los procesos tales como fitoplancton y excrecion de zooplancton dentro de cualquier otro ! modulo AED modules debe ser configurado para usar los siguientes nombres: ! aed_organic_matter_doc aed_organic_matter_poc ! aed_organic_matter_don aed_organic_matter_pon ! aed_organic_matter_dop aed_organic_matter_pop ! ! DIAGNOSTICS: ! - ! !------------------------------------------------------------------------------- &aed_organic_matter !-- ORGANIC NITROGEN pon_initial = 50.0 don_initial = 50.0 w_pon = 0.1 Rpon_miner = 0.01 Rdon_miner = 0.01 Fsed_pon = -0.01 Fsed_don = 5.0 Kpon_miner = 31.25 Kdon_miner = 31.25 Ksed_don = 4.5 theta_pon_miner = 1.08 theta_don_miner = 1.08 theta_sed_don = 1.08 don_miner_product_variable='aed_nitrogen_amm' !-- ORGANIC PHOSPHORUS pop_initial = 1.0 dop_initial = 1.0 w_pop = 0.1 Rpop_miner = 0.001 Rdop_miner = 0.0001 Fsed_pop = -0.01 Fsed_dop = -900.0 Kpop_miner = 31.25 Kdop_miner = 31.25 Ksed_dop = 40.5 theta_pop_miner = 1.08 theta_dop_miner = 1.08 theta_sed_dop = 1.08 dop_miner_product_variable='aed_phosphorus_frp' !-- ORGANIC CARBON poc_initial = 40.0 doc_initial = 60.0 w_poc = 0.1 Rpoc_miner = 0.01 Rdoc_miner = 0.01 Fsed_poc = 0.00 Fsed_doc = 15.0 Kpoc_miner = 31.25 Kdoc_miner = 31.25 Ksed_doc = 4.5 theta_poc_miner = 1.08 theta_doc_miner = 1.08 theta_sed_doc = 1.08 KeDOM=0.001 KePOM=0.001 doc_miner_reactant_variable='aed_oxygen_oxy' doc_miner_product_variable= 'aed_carbon_dic' / !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_phytoplankton - modelo AED de fitoplancton !------------------------------------------------------------------------------- ! num_phytos [integer] ! numero de grupos de fitoplancton a incluir dentro de este modulo ! num_phytos [integer] ! list of ID's of groups in aed_phyto_pars.nml (len=num_phyto)###### ! X_excretion_target_variable [string] ! variable destado a recibir C, N o P de el proceso de excresion##### ! X_mortality_target_variable [string] ! variable de estado a recibir C, N or P de mortalidad ! X_uptake_target_variable [string] ! variable de estado a ser vinculada por consumo de C,N,P,Si or O2 ! ! NOTE: Los usuarios deben suministrar un archivo "aed_phyto_pars.nml" valido ! ! ! NOTE: Los procesos tales como pastoreo del zooplancton o turbidez calc denro de cualquiera de los otros####### ! modulos AED deben ser configurado para usar los siguientes nombres: ! aed_phytoplankton_name (where name is as defined in the nml) ! aed_phytoplankton_name_IN (nitrogeno interno) ! aed_phytoplankton_name_IP (fosforo interno) ! ! DIAGNOSTICS: ! aed_phytoplankton_name_fI (limitacion luminica) ! aed_phytoplankton_name_fT (limitacion de temperatura) ! aed_phytoplankton_name_fS (limitacion de salinidad) ! aed_phytoplankton_name_fN (limitacion de nitrogeno) ! aed_phytoplankton_name_fP (limitacion de fosforo) ! aed_phytoplankton_name_fSi (limitacion de silica) ! aed_phytoplankton_tchla (modulo total de chlorofila-a) ! aed_phytoplankton_gpp (modulo total de productividad primaria neta)########## ! !------------------------------------------------------------------------------- &aed_phytoplankton num_phytos = 2 the_phytos = 1,2 p_excretion_target_variable ='aed_organic_matter_dop' n_excretion_target_variable ='aed_organic_matter_don' c_excretion_target_variable ='aed_organic_matter_doc' si_excretion_target_variable ='' p_mortality_target_variable ='aed_organic_matter_pop' n_mortality_target_variable ='aed_organic_matter_pon' c_mortality_target_variable ='aed_organic_matter_poc' si_mortality_target_variable ='' p1_uptake_target_variable ='aed_phosphorus_frp' n1_uptake_target_variable ='aed_nitrogen_nit' n2_uptake_target_variable ='aed_nitrogen_amm' si_uptake_target_variable ='' !#'aed_silica_rsi' do_uptake_target_variable ='aed_oxygen_oxy' c_uptake_target_variable ='aed_carbon_dic' / !------------------------------------------------------------------------------- ! aed_zooplankton - modelo AED de zooplancton !------------------------------------------------------------------------------- ! num_zoops [integer] ! numero de grupos de zooplancton a incluir en este modulo ! the_zoops [integer] ! list of ID's of groups in aed_zoop_pars.nml (len=num_zoops)######## ! dX_target_variable [string] ! variable de stado vinculada proveer/recibir materia organica disuelta ! pX_target_variable [string] ! variable de stado vinculada para proveer/recibir materia organica particulada ! ! NOTE: Users must supply a valid "aed_zoops_pars.nml" file ! ! ! NOTE: Los procesos tales como pastoreo de zooplancton o turbidez ########## ! dentro de los otros modulos AED modules deben ser configurados con los siguientes nombres: ! aed_zooplankton_name (where name is as defined in the nml) ! ! DIAGNOSTICS: ! - ! !------------------------------------------------------------------------------- &aed_zooplankton num_zoops = 1 the_zoops = 1 dn_target_variable='aed_organic_matter_don' ! dissolved nitrogen target pn_target_variable='aed_organic_matter_pon' ! particulate nitrogen target dp_target_variable='aed_organic_matter_dop' ! dissolved phosphorus target pp_target_variable='aed_organic_matter_pop' ! particulate phosphorus target dc_target_variable='aed_organic_matter_doc' ! dissolved carbon target pc_target_variable='aed_organic_matter_poc' ! particulate carbon target /