Back to database list

aed_phyto_pars

 See AED Science Manual aed_phyto_pars

!-- GENERAL parameters
p_name Peridinium cyano green karlodinium phy05 phy06 crypto cryptophyte chlorophyte synechococcus MICROCYSTIS Cyanobacteria Cyanobacteria n_spumigena Peridinium Microcystis Microcystis Aphanizomenon Nanoplankton grn crypt diatom dino phy99 green-copy !- [string] Name of phytoplankton group
p_initial  1   10   0.04   10   10   11   8.4   2.4   10   10   10   200   10   10   2.81   102   2.81   2.81   2.81   10   10   10   10   11   0.04  !- [real] Initial concentration of phytoplankton (mmol C/m3)
p0  0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   5   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.2   0.2   0.2   0.2   0.03   0.03  !- [real] Minimum concentration of phytoplankton (mmol C/m3)
Xcc  50   50   40   50   50   50   40   40   50   50   50   40   40   50   55   50   92   77   80   50   50   50   50   50   40  !- [real] carbon to chlorophyll ratio (mg C/mg chla)
!-- GROWTH parameters
R_growth  1.1   1.1   0.7   1.1   1.1   1.1   1.1   0.7   1.1   1.1   1.1   0.53   1.1   1.1   0.35   1.1   0.7   0.41   2.7   2.4   1.8   3.1   2.1   1.1   0.7  !- [real] Phyto max growth rate @20C (/day)
fT_Method  1   1   0   1   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   0   1   1   1   1   1   0  !- [integer] Specifies temperature limitation function of growth (-); 0 = no temperature limitation 1= CAEDYM style
theta_growth  1.06   1.06   1.08   1.06   1.06   1.06   1.06   1.06   1.06   1.06   1.06   1.08   1.06   1.06   1.07   1.06   1.07   1.1   1.07   1.08   1.08   1.08   1.08   1.06   1.08  !- [real] Arrenhius temperature scaling for growth function (-)
T_std  20   20   20   20   20   20   15   20   20   20   20   20   20   20   19   20   19   24   20   18   20   18   18   20   20  !- [real] Standard temperature (deg C)
T_opt  28   28   27   28   28   28   20   28   28   28   28   28.7   28   28   24   28   26   29   27   23   26   28   25   28   27  !- [real] Optimum temperature (deg C)
T_max  35   35   33   35   35   35   32   34   35   35   35   35   35   35   32   35   35   34   35   35   38   39   32   35   33  !- [real] Maximum temperature (deg C)
!-- LIGHT parameters
lightModel  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0  !- [integer] Type of light response function [0 = no photoinhibition; 1 = photoinhibition]
I_K  25   25   25   25   25   25   10   25   25   25   25   228   25   25   17.5   25   17.5   17.5   17.5   100   100   100   100   25   25  !- [real] Half saturation constant for light limitation of growth (W/m2) used if lightModel=0
I_S  100   100   100   100   100   100   100   100   100   100   100   230   100   100   600   100   150   80   400   40   40   40   40   100   100  !- [real] saturating light intensity (W/m2) used if lightModel=1
KePHY  0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.001   0.005   0.005   0.005   0.005   0   0.005   0.005   0.00012   0.005   0.00012   0.00012   0.00012   0.00408   0.0051   0.00408   0.0048   0.005   0.005  !- [real] Specific attenuation coefficient ((mmol C m^3^-1)^1 m^-1)
!-- RESPIRATION parameters
f_pr  0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.002   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.004   0.005   0.004   0.004   0.004   0.025   0.025   0.025   0.025   0.005   0.005  !- [real] Fraction of primary production lost to exudation (-)
R_resp  0.08   0.08   0.012   0.08   0.08   0.08   0.12   0.012   0.08   0.08   0.08   0.08   0.08   0.08   0.066   0.08   0.066   0.066   0.066   0.04   0.08   0.02   0.095   0.08   0.012  !- [real] Phytoplankton respiration/metabolic loss rate @ 20 (degC)
theta_resp  1.05   1.05   1.06   1.05   1.05   1.05   1.07   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.05   1.08   1.08   1.08   1.08   1.05   1.06  !- [real] Arrhenius temperature scaling factor for respiration (-)
k_fres  0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.6   0.25   0.6   0.25   0.25   0.25   0.1   0.1   0.1   0.1   0.6   0.6  !- [real] Fraction of metabolic loss that is true respiration (-)
k_fdom  0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.05   0.2   0.05   0.2   0.2   0.2   0.3   0.3   0.3   0.3   0.05   0.05  !- [real] Fraction of metabolic loss that is DOM (-)
!-- SALINITY parameters
salTol  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   -1   -1   -2   -3   0   0  !- [integer] Type of salinity limitation function (-)
S_bep  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   0.1   0.1   0.1   0.1   2   2  !- [real] Salinity limitation value at maximum salinity S_maxsp (-)
S_maxsp  35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   35   28   60   200   90   35   35  !- [real] Maximum salinity (g/kg)
S_opt  1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   10   20   60   40   1   1  !- [real] Optimal salinity (g/kg)
!-- NITROGEN parameters
simDINUptake  1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1  !- [integer] Simulate DIN uptake (0 = false, 1 = true)
simDONUptake  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0  !- [integer] Simulate DON uptake (0 = false, 1 = true)
simNFixation  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0  !- [integer] Simulate N fixation (0 = false, 1 = true)
simINDynamics  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   0   0   0   0   2   2  !- [integer] Simulate internal N (0 = assumed fixed C:N, 2 = dynamic C:N)
N_o  0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.25   0.02   0.071   0.02   0.071   0.25   0.25  !- [real] Nitrogen concentraion below which uptake is 0 (mmol N/m^3)
K_N  4   4   3.21   4   4   4   3.57   3.21   4   4   4   4   4   4   3.39   4   3.39   3.39   3.39   1.786   2.143   1.786   2.4   4   3.21  !- [real] Half-saturation concentration of nitrogen (mmol N/m^3)
X_ncon  232342   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.16   0.151   0.1   0.167   0.035   0.035  !- [real] Constant internal nitrogen concentration (mmol N/ mmol C) used if simINDynamics = 0 or 1
X_nmin  0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.003   0.02   0.002   0.017   0.007   0.069   0.054   0.069   0.069   0.02   0.02  !- [real] minimum internal nitrogen concentration (mmol N/ mmol C) used if simINDynamics = 2
X_nmax  0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.07   0.006   0.07   0.005   0.009   0.028   0.18   0.054   0.18   0.206   0.07   0.07  !- [real] maximum internal nitrogen concentration (mmol N/ mmol C) used if simINDynamics = 2
R_nuptake  0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.02   0.069   0.032   0.069   0.206   0.02   0.02  !- [real] maximum nitrogen uptake rate(mmol N/m^3/d) used if simINDynamics = 2
k_nfix  0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7   0.7  !- [real] growth rate reduction under maximum nitrogen fixation (/day) used if simNFixation >0
R_nfix  0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0.035   0   0.035   0   0.012   0   0.0006   0.00075   0.0006   0.0006   0.035   0.035  !- [real] nitrogen fixation rate (mmol N/mmol C/day)
!-- PHOSPHORUS parameters
simDIPUptake  1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1   1  !- [integer] Simulate DIP uptake (0 = false, 1 = true)
simIPDynamics  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   0   0   0   0   2   2  !- [integer] Simulate internal phosphorus dynamics (0 = assumed fixed C:P, 2 = dynamic C:P)
P_0  0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.03   0.0064   0.0064   0.0064   0.0064   0.03   0.03  !- [real] Phosphorus concentraion below which uptake is 0 (mmol P/m^3)
K_P  0.15   0.15   0.16   0.15   0.15   0.15   0.16   0.16   0.15   0.15   0.15   0.15   0.15   0.15   7.74E-5   0.15   5.8E-5   3.87E-5   4.51E-5   0.2526   0.3226   0.2426   0.36   0.15   0.16  !- [real] Half-saturation concentration of phosphorus (mmol P/m^3)
X_pcon  0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.002976   0.002809   0.00186   0.003106   0.0015   0.0015  !- [real] Constant internal phosphorus concentration (mmol P/ mmol C) used if simIPDynamics = 0 or 1
X_pmin  0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0.0005   0   0.0005   0.003   0.006   0.003   0.0015   0.0015   0.0015   0.0015   0.0005   0.0005  !- [real] Minimum internal phosphorus concentration (mmol P/mmol C) used if simIPDynamics = 2
X_pmax  0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.005   0.001   0.005   0.019   0.502   0.012   0.0096   0.0096   0.0096   0.0096   0.005   0.005  !- [real] Maximum internal phosphorus concentration (mmol P/mmol C) used if simIPDynamics = 2
R_puptake  0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.001   0.0031   0.0031   0.0031   0.0031   0.001   0.001  !- [real] Maximum phosphorus uptake rate(mmol P/m^3/d) used if simIPDynamics = 2
!-- SILICA parameter
simSiUptake  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0  !- [integer] Simulate Si uptake (0 = false, 1 = true)
Si_0  0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0.3   0   0   0   0   0.3   0.3  !- [real] Silica concentraion below which uptake is 0 (mmol Si/m^3)
K_Si  2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   2.5   8   8   8   8   2.5   2.5  !- [real] Half-saturation concentration of silica (mmol Si /m3)
X_sicon  0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.4   0.0171   0.0171   0.0171   0.0171   0.4   0.4  !- [real] Constant interal silica concentration (mmol Si/mmol C)
!-- SETTLING parameters
w_p  0   0   -0.01   0   0   0   -0.104   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   -0.05   0   -0.1   0   0   -0.01  !- [real] sedimentation rate (m/d)
c1  0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0.0020667   0   0   0   0   0.0020667   0.0020667  !- [real] Rate coefficient for density increase (kg/m3/s)
c3  0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0.0003833   0   0   0   0   0.0003833   0.0003833  !- [real] Minimum rate of density decrease with time (kg/m3/s)
f1  0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0.675   0   0   0   0   0.675   0.675  !- [real] Fraction of maximum intracellular nitrogen where motility tends down towards nutrients (-)
f2  0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0.75   0   0   0   0   0.75   0.75  !- [real] Fraction of maximum intracellular nitrogen where motility tends up towards light (-)
d_phy  1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5   1.0E-5  !- [real] phytoplankton mean cell diameter (m)
!-- COMMENT
comment                                                           Test   Test   Test   Test 2        !- [comment]